Aunque nacido en Almería, Javi Ruiz se formó futbolísticamente en las categorías inferiores del FC Barcelona. Tras pasar por el Barcelona C y el Barcelona B, en el mercado de invierno de la temporada 2001/02 fue cedido al Gimnàstic de Tarragona, de la Segunda División. La siguiente campaña afrontó una nueva cesión, esta vez a la UD Almería, también en la categoría de plata. Posteriormente regresó al FC Barcelona y defendió la porteria del filial durante la temporada 2003/04. En julio de 2004 fue cedido al CF Badalona, aunque la experiencia resultó fallida y regresó al club azulgrana en octubre. Durante las siguientes temporadas fue el portero del Barcelona B, aunque casi siempre como suplente de Rubén Martínez.
La falta de oportunidades le llevó a rescindir su contrato con el club azulgrana el verano de 2006 y firmó por el UE Sant Andreu, de Segunda División B, donde permaneció un año como portero titular. Luego regresó a su Almería natal para enrolarse en la UD Adra, de Tercera División, aunque en el mercado de invierno de la temporada 2007/08 le llegó una oferta RCD Espanyol, que se encontraba sin guardametas por la lesión de Iñaki Lafuente y la marcha de Carlos Kameni para disputar la Copa de África. Permaneció dos temporadas en el RCD Espanyol, aunque sin disponer de minutos de juego. Finalmente finalizó su contrato quedando libre en la actualidad.
